海港城北區(qū)分局破案王陳在天（周渝民 飾），誤跟邱局長的千金上床，而申請調(diào)到南區(qū)分局工作。在這里，他遇到了性情火爆的拍檔吳英雄（趙又廷 飾），后者正在調(diào)查毒品dreamer的犯罪團伙。由于陳在天被檢驗科分析師藍西英（張鈞寧 飾）查出體內(nèi)含有dreamer成分，而被視為毒物 。加之他平時輕浮放蕩的表現(xiàn)，也讓吳英雄十分不爽。在辦案中，兩人結識了三聯(lián)幫幫主的千金陳琳（陳意涵 飾），三人不打不相識，并在辦案中產(chǎn)生感情。在地鐵追捕Dreamer罪犯時，陳在天救了陳琳，但后者卻認為是吳英雄所為，并對他產(chǎn)生了好感。然而，幾次陰差陽錯之后，她卻慢慢愛上了陳在天。不過，陳在天總是躲閃不敢接受，因為他內(nèi)心一直糾結于自己的身世之謎。然而，這些人卻先后卷入了一場由薩克奇恐怖組織導演的陰謀之中……

　　1840年第一次鴉片戰(zhàn)爭后，清王朝陷入了內(nèi)憂外患的境地，西方列強不斷進行侵略和恫嚇，1856年英法兩國又發(fā)動了第二次鴉片戰(zhàn)爭，清王朝更是國力日衰。面對列強的威脅，朝廷中以恭親王奕訢為首的改革派提出開展洋務運動，走富國強兵之路。
　　1866年，以左宗棠、沈葆楨為代表的改革派和以慈禧太后、倭仁為代表的保守派進行了反復、激烈的斗爭，他們頂住了來自各方的壓力，克服了種種困難，終于在福州馬尾建造了造船廠，開設了船政學堂，造出我國第一艘具有當年先進水平輪船，培養(yǎng)出我國第一代海軍。
　　32集電視劇《船政風云》真實地再現(xiàn)了這一階段的歷史，謳歌了左宗棠、沈葆楨等一批愛國者的歷史功績，突出表現(xiàn)了人民群眾是創(chuàng)造歷史的動力這一主題，以及人民群眾的愛國主義精神和人民群眾在歷史發(fā)展進程中的歷史地位和作用。
　　1866年春左宗棠就在福州設廠造船一事給朝廷上書，慈禧太后在恭親王奕訢的力勸下同意左宗棠在福州設廠造船。8月，左宗棠親至福州，購買民田200多畝做為廠基，又聘請法國人日意格，德克碑為正、副監(jiān)督。正當籌備工作緊張進行時，清政府調(diào)左宗棠任陜甘總督，去西安鎮(zhèn)壓捻軍起義。突然的變化使處于初創(chuàng)階段的船政局工程面臨夭折的危險，左宗棠表示決不半途而廢，他向清廷保舉原江西巡撫沈葆楨出任“總理船政大臣”。沈葆楨上任后積極籌備造船廠，設立船政學堂，以培養(yǎng)自己的造船工程師和海軍軍官；設置船政衙門，總理船政事務。面對來自至上而下守舊勢力的干擾、破壞，英桂、沈葆楨等船政官員團結一致，共同奮斗，克服了一個又一個的困難。為了懲治以閩浙總督吳棠、布政使鄧延楠等反對船政的貪官，沈葆楨果斷處決了吳、鄧的下屬蘇利和李有才，達到了以儆效尤的效果。洋監(jiān)工日意格帶領十幾位專家和技工到來，馬尾船廠正式開工造船。1869年第一艘具有先進水平的兵商兩用輪船——萬年清號成功下水，實現(xiàn)了船政大業(yè)。
　　沈葆楨拒絕了法國人駕駛輪船出海試航的要挾，親自帶領船政學堂培養(yǎng)的第一批中國未來的海軍軍官，登上“萬年清”隨船試航。并委托吳大廷隨船北上天津衛(wèi)接受朝廷檢閱。
　　由于船政超支較多，沈葆楨奏請朝廷追加撥款，朝廷批準。沈頂住保守派壓力，擴大造船廠，增加學堂，在合同期內(nèi)共造各種兵船、商船15艘，為中國之最。
　　1874年5月，日本中將西鄉(xiāng)從道下令路軍少將谷干城、海軍少將赤松則良率兵在臺灣南端登陸。以強大的火力逼迫當?shù)啬档ど缤督担淮虻美仟N后撤。由于漢奸的出賣，阿祿酋長不幸中彈犧牲。當?shù)匕傩栈麨榱?，藏在密林中打擊倭寇?874年6月沈葆楨率領船政學堂的畢業(yè)生出兵臺灣。沈到臺后，確定了“驅(qū)倭撫番”的大計。他為安平炮臺題寫了“億載金城”四個大字。就在沈葆楨一切部署完畢，等待向日寇發(fā)起致命一擊時，收到了中日簽訂的《北京條約》，沈等官員悲痛萬分。倭寇從臺灣撤退后，沈葆楨制定了“開山撫番”的方針，開山修路，移風易俗，建設臺灣、保衛(wèi)臺灣，逐漸實現(xiàn)了各民族的大融合。
　　為了學習西方各國的造船技術和駕船經(jīng)驗，朝廷批準船政學堂畢業(yè)生分別赴英、法等國學習。嚴崇光、劉步蟾等學成回國后都成為清政府海軍骨干。
　　1884年7月法國遠東艦隊司令孤拔率領艦船闖入福建馬尾港，利士比親率四艘法艦駛往基隆，發(fā)起攻擊。清政府急召劉銘傳受命，加以巡撫全權督辦臺灣事務。劉銘傳欣然受命，渡海抵達臺灣，籌謀抗擊法軍，取得重大勝利。朝廷給于他們獎勵。借口“基隆事件” 法國政府向清政府下達了最后通牒。8月23日下午法艦向中國軍艦發(fā)動襲擊，士兵臨危不懼奮勇還擊。由于李鴻章妥協(xié)退讓，不許“輕言戰(zhàn)事”，福建船政大臣何如璋不做戒備，還禁止軍艦移動，使福建水師損失慘重。慈禧太后對馬江之戰(zhàn)11艘兵船損失和上千人傷亡的慘狀傷感不已。面對法國人的囂張氣焰毅然決定對法宣戰(zhàn)。授以左宗棠為欽差大臣，督辦福建軍務。孤拔命令利士比率八艘戰(zhàn)艦向基隆發(fā)起猛攻，劉銘傳作出“撤基援滬”決策，取得了有名的“滬尾大捷”。左宗棠率五千人馬進入福建。他用明修棧道，暗渡陳倉的偷渡計，使援軍安全抵臺，在劉銘傳指揮下粉碎了法國遠東艦隊侵臺的夢想。孤拔親率法遠東艦隊從基隆撤退后占領澎湖群島身染赤痢去世。
　　左宗棠表示，為了讓子孫后代永遠不忘船政魂魄，一定要建造馬江昭忠寺，將所有將士的英名刻碑留存。但當他看到屈辱的《中法會訂越南條約》，氣得頓時口吐鮮血，病逝福州。嚴復、詹天佑、鄧世昌等船政學堂的畢業(yè)生及眾鄉(xiāng)親為紀念馬江之戰(zhàn)建成昭忠祠，他們向烈士墓行大禮，祭奠烈士英魂。