在德川幕府時代，日本幕府統(tǒng)治開始走向沒落，對農(nóng)民的壓迫也空前慘烈，其時又有西方宗教傳入日本，忍無可忍之下，暴發(fā)了農(nóng)民起義，許多天主教農(nóng)民揭竿而起反對幕府的統(tǒng)治，史稱“島原之亂”，轟動了整個日本，大大地沖擊了當(dāng)時的當(dāng)權(quán)者。
　　當(dāng)時的起義在1638年暴發(fā)，以妖異少年天草四郎為首的天主教徒，聚集農(nóng)民和天主教徒三萬七千余人發(fā)動了起義，攻擊德川幕府的各地政權(quán)。起義軍開始時勢如破竹，連連擊敗幕府軍隊，攻下了幾座城池，而且影響越來越大，參加進(jìn)來的農(nóng)民逐漸增多。德川幕府緊急調(diào)動各地諸侯的兵力十二萬鎮(zhèn)壓起義農(nóng)民，起義軍和幕府諸侯軍隊血戰(zhàn)3個多月后終因寡不敵眾而失敗，起義軍領(lǐng)袖、年青的天主教徒天草四郎也被幕府軍隊抓獲，被判斬首示眾，他死前卻大聲疾呼：我將像天主基督一樣復(fù)活！
　　這個事件過去不久，天草四郎卻真的復(fù)活了！負(fù)責(zé)保護(hù)幕府政權(quán)的是武林世家柳生家族，他們堅守自己的職責(zé)和天草四郎展開了或大或小的戰(zhàn)斗。其中，武林家族柳生派的第一高手是柳生十兵衛(wèi)，他的家族武術(shù)淵源甚深，對劍術(shù)尤其精湛，而天草四郎則不斷鍛煉妖異魔法，也具備常人無法企及的法力，他們兩人都感受到了對方的威脅，正邪激戰(zhàn)一觸即發(fā)……
　　故事中天草四郎以妖術(shù)打開地獄之門，召喚宮本武藏、荒木又右衛(wèi)門、寶藏院胤舜等歷代豪杰的鬼魂從魔界復(fù)活，企圖毀滅德川政權(quán)，與知名劍豪柳生十兵衛(wèi)，展開一場鬼哭神號的正邪對決。

　　事情發(fā)生的非常突然，‘五連者’的世界，‘獸連者’的世界，‘煌輝者’的世界......，所有超級戰(zhàn)隊的世界，以及‘機(jī)界機(jī)器人（キカイノイド）’的世界‘機(jī)械托比亞（キカイトビア）’，通通遭到‘機(jī)械托比亞王朝托吉鐵克（キカイトピア王朝トジテンド）’使用‘封閉齒輪（トジルギア）’一一收入囊中。
　　僅剩余最后的平行世界，但因意外導(dǎo)致‘機(jī)械托比亞’與‘這個世界’產(chǎn)生融合，經(jīng)過1個月后，‘機(jī)械托比亞王朝托吉鐵克’遲遲無法將這個世界收入囊中，所以決定改用侵略的方式占領(lǐng)，而與人類所在世界融合的‘機(jī)界機(jī)器人’遇到1名人類‘五色田介人’，共同合作阻擋‘機(jī)械托比亞王朝托吉鐵克’的侵略。
　　‘五色田介人’使用雙親制作的秘密道具‘齒輪機(jī)關(guān)槍（ギアトリンガー）’和雙親所發(fā)現(xiàn)的平行時空里的超級戰(zhàn)隊，利用各超級戰(zhàn)隊的力量所制作出的‘戰(zhàn)隊齒輪（センタイギア）’進(jìn)行戰(zhàn)斗。
　　充滿正義之心的1名‘人類’與4名‘機(jī)界機(jī)器人’變身成‘全界者’一同對抗‘機(jī)械托比亞王朝托吉鐵克’，前所未有的超級戰(zhàn)隊就此拉開序幕。

為了探望身患重病的母親，海棠晴（森川智之 配音）從日本遠(yuǎn)赴加拿大，待到抵達(dá)之時才發(fā)現(xiàn)，母親的病危只是謊言，自己所要面對的，是自己橫空出世素不相識的弟弟海棠零（皆川純子 配音）。悲慘的童年經(jīng)歷令零幼小的心靈傷痕累累，他桀驁孤僻，不相信任何人，也不服從任何管教。                                    
                               　　溫柔善良的 晴用無微不至的照顧漸漸融化了零內(nèi)心里的堅冰，當(dāng)暑假結(jié)束晴要返回日本之時，兄弟兩人約定有朝一日要在日本相聚。之后，一場車禍奪走了晴的一切，包括他和零在一起的記憶，當(dāng)零千里迢迢來到日本之時，出現(xiàn)在他眼前的，是已經(jīng)忘記一切面目全非成為牛郎的晴。

向井直也（榎木淳彌 配音）是一名性格異常認(rèn)真的男子高中生，認(rèn)真到有些可笑的地步。從小學(xué)1年級起，他就深深的喜歡上了自己的青梅竹馬佐木咲（佐倉綾音 配音），并且以每月一次的頻率向她告白，均以失敗告終。一晃眼多年過去，直也和咲都升上了高中，終于，咲答應(yīng)了直也的告白，成為了他的女友，真是可喜可賀。哪知道，就在兩人剛剛順利交往沒多久，班上另一個名叫水瀨渚（和氣杏未 配音）的女孩也向直也告白了。認(rèn)真的直也無法回避內(nèi)心里涌起的莫名感情，于是，他向咲提出了一個離譜的提議——他想要在和咲以及水瀨同時交往。更讓人目瞪口呆的是，咲竟然答應(yīng)了直也的這個提議。