海港城北區(qū)分局破案王陳在天（周渝民 飾），誤跟邱局長(zhǎng)的千金上床，而申請(qǐng)調(diào)到南區(qū)分局工作。在這里，他遇到了性情火爆的拍檔吳英雄（趙又廷 飾），后者正在調(diào)查毒品dreamer的犯罪團(tuán)伙。由于陳在天被檢驗(yàn)科分析師藍(lán)西英（張鈞寧 飾）查出體內(nèi)含有dreamer成分，而被視為毒物 。加之他平時(shí)輕浮放蕩的表現(xiàn)，也讓吳英雄十分不爽。在辦案中，兩人結(jié)識(shí)了三聯(lián)幫幫主的千金陳琳（陳意涵 飾），三人不打不相識(shí)，并在辦案中產(chǎn)生感情。在地鐵追捕Dreamer罪犯時(shí)，陳在天救了陳琳，但后者卻認(rèn)為是吳英雄所為，并對(duì)他產(chǎn)生了好感。然而，幾次陰差陽(yáng)錯(cuò)之后，她卻慢慢愛(ài)上了陳在天。不過(guò)，陳在天總是躲閃不敢接受，因?yàn)樗麅?nèi)心一直糾結(jié)于自己的身世之謎。然而，這些人卻先后卷入了一場(chǎng)由薩克奇恐怖組織導(dǎo)演的陰謀之中……

　　1840年第一次鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)后，清王朝陷入了內(nèi)憂外患的境地，西方列強(qiáng)不斷進(jìn)行侵略和恫嚇，1856年英法兩國(guó)又發(fā)動(dòng)了第二次鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)，清王朝更是國(guó)力日衰。面對(duì)列強(qiáng)的威脅，朝廷中以恭親王奕訢為首的改革派提出開(kāi)展洋務(wù)運(yùn)動(dòng)，走富國(guó)強(qiáng)兵之路。
　　1866年，以左宗棠、沈葆楨為代表的改革派和以慈禧太后、倭仁為代表的保守派進(jìn)行了反復(fù)、激烈的斗爭(zhēng)，他們頂住了來(lái)自各方的壓力，克服了種種困難，終于在福州馬尾建造了造船廠，開(kāi)設(shè)了船政學(xué)堂，造出我國(guó)第一艘具有當(dāng)年先進(jìn)水平輪船，培養(yǎng)出我國(guó)第一代海軍。
　　32集電視劇《船政風(fēng)云》真實(shí)地再現(xiàn)了這一階段的歷史，謳歌了左宗棠、沈葆楨等一批愛(ài)國(guó)者的歷史功績(jī)，突出表現(xiàn)了人民群眾是創(chuàng)造歷史的動(dòng)力這一主題，以及人民群眾的愛(ài)國(guó)主義精神和人民群眾在歷史發(fā)展進(jìn)程中的歷史地位和作用。
　　1866年春左宗棠就在福州設(shè)廠造船一事給朝廷上書(shū)，慈禧太后在恭親王奕訢的力勸下同意左宗棠在福州設(shè)廠造船。8月，左宗棠親至福州，購(gòu)買(mǎi)民田200多畝做為廠基，又聘請(qǐng)法國(guó)人日意格，德克碑為正、副監(jiān)督。正當(dāng)籌備工作緊張進(jìn)行時(shí)，清政府調(diào)左宗棠任陜甘總督，去西安鎮(zhèn)壓捻軍起義。突然的變化使處于初創(chuàng)階段的船政局工程面臨夭折的危險(xiǎn)，左宗棠表示決不半途而廢，他向清廷保舉原江西巡撫沈葆楨出任“總理船政大臣”。沈葆楨上任后積極籌備造船廠，設(shè)立船政學(xué)堂，以培養(yǎng)自己的造船工程師和海軍軍官；設(shè)置船政衙門(mén)，總理船政事務(wù)。面對(duì)來(lái)自至上而下守舊勢(shì)力的干擾、破壞，英桂、沈葆楨等船政官員團(tuán)結(jié)一致，共同奮斗，克服了一個(gè)又一個(gè)的困難。為了懲治以閩浙總督吳棠、布政使鄧延楠等反對(duì)船政的貪官，沈葆楨果斷處決了吳、鄧的下屬蘇利和李有才，達(dá)到了以儆效尤的效果。洋監(jiān)工日意格帶領(lǐng)十幾位專(zhuān)家和技工到來(lái)，馬尾船廠正式開(kāi)工造船。1869年第一艘具有先進(jìn)水平的兵商兩用輪船——萬(wàn)年清號(hào)成功下水，實(shí)現(xiàn)了船政大業(yè)。
　　沈葆楨拒絕了法國(guó)人駕駛輪船出海試航的要挾，親自帶領(lǐng)船政學(xué)堂培養(yǎng)的第一批中國(guó)未來(lái)的海軍軍官，登上“萬(wàn)年清”隨船試航。并委托吳大廷隨船北上天津衛(wèi)接受朝廷檢閱。
　　由于船政超支較多，沈葆楨奏請(qǐng)朝廷追加撥款，朝廷批準(zhǔn)。沈頂住保守派壓力，擴(kuò)大造船廠，增加學(xué)堂，在合同期內(nèi)共造各種兵船、商船15艘，為中國(guó)之最。
　　1874年5月，日本中將西鄉(xiāng)從道下令路軍少將谷干城、海軍少將赤松則良率兵在臺(tái)灣南端登陸。以強(qiáng)大的火力逼迫當(dāng)?shù)啬档ど缤督?，被打得狼狽后撤。由于漢奸的出賣(mài)，阿祿酋長(zhǎng)不幸中彈犧牲。當(dāng)?shù)匕傩栈麨榱?，藏在密林中打擊倭寇?874年6月沈葆楨率領(lǐng)船政學(xué)堂的畢業(yè)生出兵臺(tái)灣。沈到臺(tái)后，確定了“驅(qū)倭撫番”的大計(jì)。他為安平炮臺(tái)題寫(xiě)了“億載金城”四個(gè)大字。就在沈葆楨一切部署完畢，等待向日寇發(fā)起致命一擊時(shí)，收到了中日簽訂的《北京條約》，沈等官員悲痛萬(wàn)分。倭寇從臺(tái)灣撤退后，沈葆楨制定了“開(kāi)山撫番”的方針，開(kāi)山修路，移風(fēng)易俗，建設(shè)臺(tái)灣、保衛(wèi)臺(tái)灣，逐漸實(shí)現(xiàn)了各民族的大融合。
　　為了學(xué)習(xí)西方各國(guó)的造船技術(shù)和駕船經(jīng)驗(yàn)，朝廷批準(zhǔn)船政學(xué)堂畢業(yè)生分別赴英、法等國(guó)學(xué)習(xí)。嚴(yán)崇光、劉步蟾等學(xué)成回國(guó)后都成為清政府海軍骨干。
　　1884年7月法國(guó)遠(yuǎn)東艦隊(duì)司令孤拔率領(lǐng)艦船闖入福建馬尾港，利士比親率四艘法艦駛往基隆，發(fā)起攻擊。清政府急召劉銘傳受命，加以巡撫全權(quán)督辦臺(tái)灣事務(wù)。劉銘傳欣然受命，渡海抵達(dá)臺(tái)灣，籌謀抗擊法軍，取得重大勝利。朝廷給于他們獎(jiǎng)勵(lì)。借口“基隆事件” 法國(guó)政府向清政府下達(dá)了最后通牒。8月23日下午法艦向中國(guó)軍艦發(fā)動(dòng)襲擊，士兵臨危不懼奮勇還擊。由于李鴻章妥協(xié)退讓?zhuān)辉S“輕言戰(zhàn)事”，福建船政大臣何如璋不做戒備，還禁止軍艦移動(dòng)，使福建水師損失慘重。慈禧太后對(duì)馬江之戰(zhàn)11艘兵船損失和上千人傷亡的慘狀傷感不已。面對(duì)法國(guó)人的囂張氣焰毅然決定對(duì)法宣戰(zhàn)。授以左宗棠為欽差大臣，督辦福建軍務(wù)。孤拔命令利士比率八艘戰(zhàn)艦向基隆發(fā)起猛攻，劉銘傳作出“撤基援滬”決策，取得了有名的“滬尾大捷”。左宗棠率五千人馬進(jìn)入福建。他用明修棧道，暗渡陳倉(cāng)的偷渡計(jì)，使援軍安全抵臺(tái)，在劉銘傳指揮下粉碎了法國(guó)遠(yuǎn)東艦隊(duì)侵臺(tái)的夢(mèng)想。孤拔親率法遠(yuǎn)東艦隊(duì)從基隆撤退后占領(lǐng)澎湖群島身染赤痢去世。
　　左宗棠表示，為了讓子孫后代永遠(yuǎn)不忘船政魂魄，一定要建造馬江昭忠寺，將所有將士的英名刻碑留存。但當(dāng)他看到屈辱的《中法會(huì)訂越南條約》，氣得頓時(shí)口吐鮮血，病逝福州。嚴(yán)復(fù)、詹天佑、鄧世昌等船政學(xué)堂的畢業(yè)生及眾鄉(xiāng)親為紀(jì)念馬江之戰(zhàn)建成昭忠祠，他們向烈士墓行大禮，祭奠烈士英魂。