有 230 萬人口，其中八成人口為學(xué)生的「學(xué)園都市」，是比其他地區(qū)科技更為先進(jìn)，并從事「超能力開發(fā)」的特殊地區(qū)。而整座學(xué)園都市中僅有七人的等級 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力與個性使然，因而被卷入了學(xué)園都市中所發(fā)生的種種事件……

　　國產(chǎn)動漫，熱血上映

　　皿屋敷中學(xué)的不良少年浦飯幽助終日無所事事，或與青梅竹馬雪村螢子吵架拌嘴，或拿死對頭桑原和真出氣。某日，逃課玩耍的幽助從車輪下救起一位小姑娘，自己則被汽車撞死。他的舉動出乎靈界的預(yù)料，因此得到一個復(fù)活的機(jī)會。經(jīng)過一次次的考驗(yàn)，幽助最終在螢子和桑原的幫助下重返人間。
　　在此之后，他成為一名靈界偵探，專門負(fù)責(zé)各種奇異的犯罪事件。在一次任務(wù)中，幽助又結(jié)識了化名南野秀一的妖狐藏馬和盜賊飛影。所謂不打不相識，幽助、桑原、藏馬、飛影成為共同進(jìn)退的搭檔。他們一同參加了云集強(qiáng)大妖怪的暗黑武術(shù)大會，與恐怖的戶愚呂兄弟一決勝負(fù)。以此為肇始，此后他們與魔界的糾葛越來越深，戰(zhàn)斗愈加激烈……

位于東京西部的巨大“學(xué)園都市”。在總?cè)丝谶_(dá)230萬人，其中約8成是學(xué)生的這座都市中，實(shí)施著超能力開發(fā)的特殊課程，學(xué)生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價。高中生上條當(dāng)麻，也是住在學(xué)園都市的學(xué)生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力，就連神的加護(hù)都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”，而被評價為名落孫山的“無能力”，過著充滿不幸的人生。而上條的學(xué)生生活，由于暑假開始時從天而降的純白修女而發(fā)生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始，上條就被卷入了各種各樣的事件中。統(tǒng)率學(xué)園都市的“科學(xué)”方、與茵蒂克絲關(guān)聯(lián)的“魔法”方，在驚險地解決雙方事件的過程中，他的人際關(guān)系也逐步擴(kuò)展。之后，魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教，終于注意到上條的存在……。如同呼應(yīng)魔法方一般，科學(xué)方的學(xué)園都市也有所動作。但也有與逐漸開始對立的世界動向抗?fàn)幍娜瞬粩喑霈F(xiàn)。那些通過與上條有所關(guān)聯(lián)，而使命運(yùn)大為改變的“英雄”們。他們挺身而出與世界對峙。如同上條當(dāng)麻做過的那樣?？茖W(xué)與魔法第三次交織之時，故事將大幅推進(jìn)！！