自西元20XX年，人類從肯亞圖爾卡納湖的湖畔挖出了一個(gè)名叫索哈爾(Zohar)的物體之后，便開始對它進(jìn)行研究，后來有人重建出來所謂的“神之語言”，并建立電腦程式以啟動(dòng)原始索哈爾，進(jìn)行和上位領(lǐng)域的U-DO(上位領(lǐng)域當(dāng)中的紅色波動(dòng)存在)連結(jié)的連結(jié)實(shí)驗(yàn)，但很不幸地，從上位領(lǐng)域流入下位領(lǐng)域的能量造成了事象變移，使地球(游戲中所謂的“失落耶路撒冷”)幾乎完從從宇宙中“消失”，人類因而被迫逃亡，離開地球。
　　到了四千年多后，在故事開始前十五的T.C.4753年，米爾奇亞行星(Miltia)爆發(fā)了所謂的米爾奇亞沖突事件，在此次事件當(dāng)中，米爾奇亞行星的人類疑似遭到了格諾西斯(Gnosis)的攻擊，并在沖突事件后消失，但事件的真相卻因?yàn)槊谞柶鎭喌南Ф粸槿酥?。在事件后，啟?dòng)原始索哈爾（后來人類制造出了十二具索哈爾模擬體，因此原有的索哈爾就被稱之為原始索哈爾）所需的神之語言、原始索哈爾的研究成果、米爾奇亞的U.M.N.座標(biāo)等事物，都被封存在Y資料當(dāng)中，而Y資料又被封存在百式觀測用合成人(Relian)M.O.M.O.的意識(shí)內(nèi)，然而這么做卻引起了各方勢力對M.O.M.O.的爭奪，因此星團(tuán)聯(lián)邦政府(游戲中統(tǒng)治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一個(gè)名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保護(hù)M.O.M.O.的安全。
　　另一方面，在米爾奇亞沖突事件結(jié)束后的十幾年，也就是大約在游戲EPI開始的時(shí)候，當(dāng)時(shí)最大的企業(yè)貝克達(dá)公司以對抗格諾西斯侵?jǐn)_的名義，進(jìn)行對格諾西斯用戰(zhàn)斗兵器KOS-MOS的開發(fā)計(jì)劃，但和當(dāng)時(shí)多使用合成人(Relian)與生化人(Cyborg)的情況所不同的是，KOS-MOS是個(gè)純粹的機(jī)械制品。另一方面，在EPI開始時(shí)，參與KOS-MOS開發(fā)計(jì)劃的貝克達(dá)公司第一開發(fā)局研究人員卯月紫苑，正乘著當(dāng)時(shí)載有還沒正式啟動(dòng)的KOS-MOS的Woglinde號太空船進(jìn)行旅途。但沒想到其太空船卻被沖著索哈爾而來的格諾西斯所攻擊，而KOS-MOS也在此時(shí)突然啟動(dòng)，卯月紫苑因而被卷入一連串和格諾西斯及索哈爾有關(guān)的陰謀，以及會(huì)改變?nèi)祟惷\(yùn)的事件當(dāng)中……

　　恐怖大王的威脅消除了，本院寺有恢復(fù)了平凡的日常生活。
　　在這座寺廟，住著一位大學(xué)生森里螢一，與三位女神。一年前，螢一打電話錯(cuò)打到女神事務(wù)所，并與女神貝璐丹蒂開始了同居生活，之后貝璐丹蒂的兩位妹妹也住進(jìn)了寺廟。
　　這一天，救助女神事務(wù)所的數(shù)據(jù)出現(xiàn)了問題，螢一的契約可能會(huì)被取消！而唯一恢復(fù)契約的方式就是螢一再次說出一年前的愿望，可是螢一卻忘了當(dāng)時(shí)所說的話。
　　到底當(dāng)時(shí)螢一許下了什么愿望，他與貝璐丹蒂的幸福生活還能否繼續(xù)？為了明天的幸福，今天一定要想起當(dāng)時(shí)許下的心愿。
　　根據(jù)藤島康介同名漫畫改編的TV版動(dòng)畫第2季。

　　好不容易進(jìn)入了大學(xué)，想要好好學(xué)習(xí)出人頭地的“完美”男生李清吉，剛一入學(xué)就莫名被拐入了一個(gè)三流搖滾樂隊(duì)，隊(duì)長燕回空有一張帥臉卻性格超差，這種頹廢的生活根本是浪費(fèi)青春！但是，他所彈奏的旋律，卻喚起了李清吉塵封于心中的回憶……

　　＜第４話＞”美しき翼”
　　美しき翼YOMIのリーダー葉翔がついに動(dòng)き出す?。?br/>　　暗の一影九拳も揃い物語は加速していく！
　　一方美羽とケンイチは初のデートへ、そこに現(xiàn)れたものは???
　　美羽出生の謎とは？、一なる継承者とは？！！
　?。嫉冢翟挘尽彼郎駥潗櫮А毙膬?yōu)しき巨人アパチャイ?ホパチャイ
　　裏ムエタイ界の死神の異名を持つ彼がなぜ梁山泊に住み著いたかを解き明かす
　　超スペクタクル冒険活??！第５話”死神対悪魔”
　?。脖就瑫r(shí)収錄の豪華版?。?！