故事以15年前的北大西洋上一件海難作序幕，這宗海難是由一艘在深夜?jié)忪F中航行的貨輪引起的。由于未能及時(shí)發(fā)現(xiàn)航道上有巨大冰山，貨輪猛烈撞上冰山后導(dǎo)致引擎室受到重創(chuàng)，整艘船也在不久后徹底沉沒(méi)。雖然大多數(shù)船員順利獲救，但船長(zhǎng)與一名船員還是不幸罹難。而在15年后的東京大都會(huì)，大財(cái)團(tuán)的著名設(shè)計(jì)師在駕車(chē)時(shí)，突然心臟病發(fā)作。連人帶車(chē)沖向山谷，車(chē)子在墜落山谷后起火燃燒，設(shè)計(jì)師當(dāng)場(chǎng)氣絕身亡。這兩宗分別發(fā)生于兩個(gè)不同年代的意外居然是一場(chǎng)驚天大陰謀的序幕。幕后黑手選擇了豪華郵輪“愛(ài)芙羅黛蒂號(hào)”作為展開(kāi)陰謀的地點(diǎn)。恰巧江戶(hù)川柯南、毛利蘭、毛利小五郎等人參加了這艘郵輪的首次航行儀式，他們將一步步揭開(kāi)幕后黑手的陰謀，讓真相水落石出。