故事從創(chuàng)騎奪走了艾克賽德的力量后說(shuō)起。曾與葛城巧公事的科學(xué)家最上魁星為了完成自己的研究，不惜啟動(dòng)了名為恩尼格瑪?shù)臋C(jī)器，欲將創(chuàng)騎與艾克賽德所處的兩個(gè)平行世界合并。兩個(gè)世界沖突相撞僅僅剩下24小時(shí)。在這關(guān)鍵時(shí)刻，玩家驅(qū)動(dòng)器卻因世界合并而無(wú)法使用。面對(duì)前所未有的危機(jī)，傳說(shuō)騎士們紛紛采取了行動(dòng)。桐生戰(zhàn)兔順利地捕捉到了最上的行蹤，順藤摸瓜地找到了創(chuàng)騎世界中的恩尼格瑪。寶生永夢(mèng)也在火野映司、如月弦太郎、天空寺尊等人的幫助下抵達(dá)了艾克賽德世界中的恩尼格瑪。為了阻止兩個(gè)世界的毀滅，眾人需要恢復(fù)艾克賽德的力量，為此戰(zhàn)兔竟決定主動(dòng)開(kāi)啟恩尼格瑪，連接兩個(gè)世界。即使最上與魁星如愿實(shí)現(xiàn)了合體，卻仍不敵戰(zhàn)兔與永夢(mèng)為他精心設(shè)計(jì)的“秘技”。在兩人與眾位傳說(shuō)騎士的努力下，成功挫敗了最上魁星的計(jì)劃。世界合并的危機(jī)就此被解決，而假面騎士創(chuàng)騎的故事，還仍未結(jié)束。