春秋戰(zhàn)國著名俠士聶政，看到韓國君無道，民不聊生，在好友嚴仲子幫助下，刺殺韓王，卻使奸臣韓傀逃命，為了不連累他人，聶政自殺身亡。嚴仲子冒死盜出聶政尸體厚葬，并將聶政留下一把縮骨劍及一本記載著神秘誘導基因的著作埋進蝴蝶迷谷。
　　時間移到1995年夏，武夷山生物夏令營少年科學家胭脂玉、調皮鼠在教師東方子英帶領下采集生物標本時，意外發(fā)現(xiàn)滅絕三千年珍貴蝴蝶——金粉紅蝴蝶，此蝶由神龜變化而來。胭脂玉在金粉紅蝴蝶和神龜?shù)恼T導下，發(fā)現(xiàn)了二千年前聶政留下的書劍。同時在東方子英老師的啟發(fā)和誘導下，他和伙伴順風耳等發(fā)現(xiàn)了“思維黑箱”之迷，這對思維科學研究來說是一場大突破，驚動了聯(lián)合國科教文組織一批科學家來華考察，引起一場懸殊大答辯。
　　在未來時空里，有一座孤島——達拉門森島，當年韓傀已成島上獨裁總督。為了把世上所有財富全部占為已有，他親自研究泥土如何變?yōu)閷毷瘜嶒?，但都告失敗了。當聽說“思維黑箱”能幫他解決這問題時，他展開一系列罪惡活動，并派他女兒哈娜公主帶領兩名武士——白狐、獵女倒回現(xiàn)代時空，尋找胭脂玉，胭脂玉卻在未來時空中的蝴蝶迷宮遇到聶瑩，由于誤了和科學家答辯時間，她的老師東方子英被子逼辭職。她男朋友多次尋找她卻無結果。胭脂玉借助紅蝴蝶的功力，思維能越來越聰明起來。
　　哈娜公主屢次和她進行較量，都告失敗，韓傀一怒之下下令炸毀蝴蝶迷宮。為了徹底打敗韓傀一伙惡勢，胭脂玉和聶瑩聯(lián)手闖進達拉門森總督府，成了三千年一對刺客。最后，在蝴蝶和神龜幫助下，正義終于戰(zhàn)勝了邪惡，天狼被消滅，可是東方子英老師在也不能回到地球了。
　　本劇故事情節(jié)復雜、生動、似波浪一浪高過一浪，險象環(huán)生，觀眾對象除青少年外，也適應于其他層次觀眾。