位于東京的東都線地鐵開通當(dāng)日，一起針對(duì)東京都知事朝倉優(yōu)一郎的炸彈襲擊事件爆發(fā)，導(dǎo)致東都線列車損毀。經(jīng)過一番推理，柯南（高山みなみ 配音）等人認(rèn)定這與8年前朝倉主持負(fù)責(zé)的北之澤水壩的修建有關(guān)。當(dāng)年為了修建大壩，朝倉動(dòng)員北之澤村的人民搬入新村，可是仍有許多人反抗到最后階段。為了探明真相，柯南、灰原（林原めぐみ 配音）、少年偵探團(tuán)以及毛利小五郎（小山力也 配音）等人開赴白雪皚皚的北之澤。在這片純凈的雪國(guó)，少年們盡情玩耍，與此同時(shí)他們也遇到了幾名原北之澤村的村民，山尾溪介、遠(yuǎn)野瑞希、立原冬美等人。他們是從小一起長(zhǎng)大的好朋友，而彼此之間似乎又有著某種芥蒂和秘密。真相究竟如何…… 本片為《名偵探柯南》第15部劇場(chǎng)版。

堂本一輝是著名的鋼琴演奏家，兩年前突然宣布不再演奏鋼琴轉(zhuǎn)而攻向管風(fēng)琴，更斥資建造了堂本音樂廳，準(zhǔn)備在落成之日舉行演奏會(huì)。然而在演奏會(huì)之前，堂本音樂學(xué)院的學(xué)生相繼死去，先是爆炸案，后是單個(gè)被殺。園子帶著柯南一行人來聽排練，認(rèn)識(shí)了女高音歌唱家秋庭憐子，擁有絕對(duì)音感的秋庭也開始遭遇到危險(xiǎn)：潤(rùn)生茶被下藥、作森林浴時(shí)遭遇空氣槍襲擊、試演會(huì)當(dāng)天更遭擊暈。然而就是從這些事件中，柯南找到了推理的邏輯：兇手試圖把秋庭排除在兇殺外。這邊已經(jīng)正式開演的演奏會(huì)渾然不知音樂大廳外已是爆炸連天，小蘭、灰原哀以及演奏廳內(nèi)的一千多人頓時(shí)危在旦夕，絕對(duì)音感成為了唯一的救命線索。柯南找到了爆炸的邏輯，要在罪犯引爆最后一個(gè)炸彈前，把他找出來。

這日柯南、小蘭一行人來到米花市市政大廳，一場(chǎng)有關(guān)最新游戲“繭”的發(fā)布會(huì)正在這里召開。由于迥異于以往任何一款游戲的“繭”可能一舉改變?nèi)蛴螒驑I(yè)界的價(jià)值觀，發(fā)布會(huì)吸引了代表日本上流社會(huì)的政治、財(cái)經(jīng)、演藝界人士，50名游戲體驗(yàn)者也多是他們的后代，新一的父親、推理小說大師工藤優(yōu)作由于參與故事編寫，也來到現(xiàn)場(chǎng)。這邊熱熱鬧鬧，游戲的研發(fā)者兼負(fù)責(zé)人堅(jiān)村卻被殺于地下室。堅(jiān)村死前留在鍵盤J、T、R上的血跡令柯南想到答案可能在游戲中，他利用優(yōu)作的關(guān)系加入了體驗(yàn)者隊(duì)伍，小蘭、灰原哀等人也拿到了體驗(yàn)入場(chǎng)券。
　　50名體驗(yàn)者剛分別進(jìn)入一個(gè)外型酷似蠶繭的“大型膠囊”，游戲即被自稱“諾亞方舟”的人工智能控制，“諾亞方舟”稱游戲?qū)⑻峁?個(gè)完全真實(shí)的歷史場(chǎng)景，體驗(yàn)者可選擇其中之一進(jìn)入，被淘汰會(huì)進(jìn)入休眠狀態(tài)，若最后無人走到終點(diǎn)，他們的大腦組織皆會(huì)被摧毀，此舉是為令日本社會(huì)重生。柯南一行及幾個(gè)驕橫無禮的上流社會(huì)公子哥進(jìn)入的是19世紀(jì)倫敦的貝克街，那里殺人犯開膛手杰克正在興風(fēng)作浪，他身上正有柯南要找的答案！而優(yōu)作也在現(xiàn)實(shí)中正對(duì)案件展開調(diào)查。