明朝熹宗年間，宦官魏忠賢心懷叵測，圖謀陷害忠良。東林黨人顧憲成等義士心系國家，欲將“羊皮密卷”呈交熹宗，但未能如愿。在此期間，諸多忠良遭到魏忠賢的殘害，唯有顧憲成的小女兒小云，帶著“羊皮密卷”，勇敢地逃往山野，尋求庇護(hù)。小云來到錢家尋求庇護(hù)，然而錢員外貪婪欲利，想向東廠告密。幸好，小云得到了幼女玲玲和小胖的幫助，逃出生天。一位神秘的道士名為“不知道人”飛身將小云救走，并奪回了被錢員外奪取的“羊皮密卷”，將小云藏匿在一廢棄的廟宇中。
在廟中，小云結(jié)識(shí)了一名小乞丐石頭，并與他一同混跡市井，尋找其他忠良后代。他們?cè)诼猛局薪Y(jié)識(shí)了頑童小豆子和鼻涕蟲。在困境中，一位野道士通過“飛葉傳書”秘密引導(dǎo)他們前往少林寺尋求庇護(hù)。抵達(dá)寺門前，他們與另一名忠良遺孤高天鵬相遇。少林寺慈悲收留這些孩子，并交給青草大師帶領(lǐng)。一天，小云隨至善出外學(xué)習(xí)劍法，卻被魏忠賢的手下認(rèn)出，并陷入了激戰(zhàn)。幸得神秘道士相助，擊退了殺手。消息傳來，魏忠賢下令圍攻少林寺。青草大師和至善護(hù)送孩子們離開寺廟，而寺廟的方丈被捕作人質(zhì)。為了解救方丈，小云私下下山，卻陷入了重重圍困之中。在生死關(guān)頭，道士、笑癡僧、青青和苗苗等人趕來相助。然而，道士不幸戰(zhàn)死，而小云也中了毒箭，最終跌入井中殞命。
