高一那年夏天，帆高（醍醐虎汰朗配音）離開位在離島的家鄉(xiāng)，獨自一人來到東京，拮據(jù)的生活迫使他不得不找份工作，最后來到一間專門出版奇怪超自然刊物的出版社擔任寫手。不久，東京開始下起連日大雨，仿佛暗示著帆高不順遂的未來，在這座繁忙城市里到處取材的帆高邂逅了與弟弟相依為命，不可思議的美少女陽菜（森七菜配音）?！傅鹊染蜁徘缌肃??！龟柌诉@樣告訴著帆高，不久，頭頂?shù)臑踉浦饾u散去，耀眼的陽光灑落街道……原來，陽菜擁有「改變天氣」的奇妙能力……

中情局特工維勒（尚格·云頓 飾）與美女搭檔梅爾在保護一份機密文件的任務中被神秘組織追殺，梅爾犧牲，維勒被逮捕。醒來時維勒發(fā)現(xiàn)自己被囚禁在一艘核潛艇內(nèi)，這里是CIA設在深海的一座與世隔絕的黑獄，他自己也變成了出賣國家機密的叛徒身份。 除了拷打維勒的探員帕特里克，潛艇上還有維勒的恩師愛德華、女見習生凱茜和被關押的德國特工馬可（杜夫·龍格爾 飾），他們當中誰是盟友，誰是敵人？有人對維勒手中的機密文件感興趣，有人卻對離開深海恢復自由更感興趣。維勒必須尋找隊友，攜手逃出生天，并自證清白……