馬丁（Michael J. Fox 飾）才回到現(xiàn)實(shí)世界與女友團(tuán)聚，布朗博士（Christopher Lloyd 飾）就心急火燎地把他們帶到了30年后的未來(lái)世界，原來(lái)這一次是馬丁未來(lái)的兩個(gè)孩子因參與搶劫鋃鐺入獄，博士要攜馬丁一起阻止悲劇發(fā)生。
　　周旋一番后，兩個(gè)孩子被成功挽救，但三人回到現(xiàn)實(shí)世界后，卻發(fā)現(xiàn)周遭發(fā)生了天翻地覆的變化，世界被貝夫（Thomas F. Wilson飾）所控制，馬丁的父親喬治慘死，母親洛蓮（Lea Thompson 飾）竟然成了貝夫的妻子！
　　這一切都是因?yàn)闀r(shí)光機(jī)器的秘密不慎被未來(lái)的老貝夫識(shí)破，他偷偷回去搗鬼，竟因此使得整個(gè)世界都在他的掌握下！馬丁與博士再次踏上時(shí)光穿梭的征途，希望將世界扳回正軌。

科幻電影《超能水怪》以女主人公尋找父親失蹤之迷為故事線索，以高維空間里的變異生物在地球上危害地球生物作為切入點(diǎn)，講述男女主人公為了守護(hù)一方安寧，與水怪以及貪婪的境外邪惡勢(shì)力斗智斗勇的過(guò)程，從而激發(fā)起觀眾對(duì)如何保護(hù)自身生存環(huán)境、如何正確對(duì)待科學(xué)研究的深刻反省與深度思考。