世間人多如天上之星，邂逅亦多如天上之星，緊接著的……是離別
　　刺耳的警報聲驟然響起，通過無線電傳入每個人的耳中。八號殖民地“白雪公主”正遭到突如其來的襲擊，防御力量正被迅速瓦解。與此同時，“白雪公主”內(nèi)部突然出現(xiàn)幾個頭帶斗笠象僧侶一樣的人開始追殺研究員……當入侵的機器人突入“白雪公主”的時候，里面已經(jīng)血流成河。那些僧侶們留下一句“你來遲了一步，復仇者，你還未夠道行啊”，就神秘的消失了。
　　接到求救的聯(lián)合宇宙軍戰(zhàn)艦迅速趕到，但是“白雪公主”各處已經(jīng)開始發(fā)生爆炸。入侵的機器人留下的唯一蹤跡是玻色子跳躍前的模糊影響，而這種跳躍應該是比它大幾十倍的大型戰(zhàn)艦才能做到了，幽靈機器人的說法因此不徑而走。
　　因為四個殖民地連續(xù)發(fā)生爆炸，地球統(tǒng)合軍成立意外調(diào)查委員會負責調(diào)查次事，但他們不信有關(guān)機器人玻色子跳躍的事情，還把宇宙軍排除在外。為此聯(lián)合宇宙軍自行展開調(diào)查，計劃從玻色子跳躍系統(tǒng)入手，這就牽涉到葫蘆計劃。葫蘆計劃是在人類活動頻繁的宇宙區(qū)域內(nèi)的一些殖民地之間建立玻色子跳躍通道，這樣擁有次元歪曲防壁可以經(jīng)受跳躍沖擊的戰(zhàn)艦就可以通過郁金香方便的來往于各地。按照計劃，星野琉璃少校任艦長的機動戰(zhàn)艦NADESICO·B奉命出發(fā)前往葫蘆計劃的中樞——殖民地“天照”。
　　在殖民地“天照”，琉璃受到當?shù)刂笓]官的故意怠慢，于是她將計就計，表面上接受殖民地安排的所謂“檢查”，暗地里利用NADESICO·B里的超級電腦“思兼”侵入“天照”的電腦系統(tǒng)，結(jié)果不僅發(fā)現(xiàn)有葫蘆計劃正式設(shè)計圖上沒有的玻色子跳躍通道，還發(fā)現(xiàn)大量非正式的玻色子跳躍的人體實驗記錄。
　　正在這個時候，“天照”內(nèi)的電腦系統(tǒng)出現(xiàn)反常現(xiàn)象，電子屏幕上充滿了OTIKA的字樣，無法正常工作?！癘TIKA反過來就是AKITO，也就是明人”，突然想到這點的琉璃似乎預感到什么，“那是暗號，還是巧合？但是那個人……明人和由利加已經(jīng)死了呀?！?br/>　　入侵者終于出現(xiàn)了，在玻色子的燦爛光芒中。連NADESICO也無法識別的入侵機器人雖然只有十來米長，但是激動性和威力卻非常強大。這時琉璃果斷地命令NADESICO進入戰(zhàn)備狀態(tài)但不參與“天照”的保衛(wèi)戰(zhàn)斗，而是靜觀其變。另一方面，天照出動的是涼子帶隊的愛特巴里斯隊，入侵者似乎抵擋不住迎擊而想要撤退，可是誰知這是調(diào)虎離山之計。當愛特巴里斯隊被引到殖民地外圈的時候，一艘不明戰(zhàn)艦突然通過時空跳躍出現(xiàn)，用重力波炮攻擊使殖民地警衛(wèi)隊損毀嚴重，入侵機器人也乘亂進入了殖民地內(nèi)部。
　　“你認識的天河明人已經(jīng)死了，我想你收下他曾生存的證據(jù)”星野琉璃，被稱為“電子的妖精”的女孩，NADESICO·B的艦長琉璃+超級電腦思兼+NADESICO·C= 無敵
　　最后的決斗就在眼前，明人乘坐的黑色機器人蓄勢待發(fā)
　　“他會回來的，如果他不回來，我們便追上去，因為那個人對我們很重要”
　　這時在殖民地指揮部，一伙自稱火星后繼者的人發(fā)動政變占領(lǐng)了“天照”，而另一方面緊隨入侵機器人進到基地內(nèi)部的涼子在那里見到了上次戰(zhàn)爭中地球和木星都想得到的火星遺跡——玻色子跳躍的黑匣子。黑暗中突然傳來一陣攝人心魄的鈴聲，“危險！”，聽到了黑色機器人駕駛員的警告，涼子僥幸躲過了偷襲。偷襲者出現(xiàn)了，他們就是上次在“白雪公主”大開殺界的那些僧侶，也是火星后繼者背后的影子——心黑手辣的暗殺者。僧侶的首領(lǐng)向黑色機器人發(fā)話了，“你要死在自己的妻子面前嗎”，隨著這話音，遺跡緩緩展開，出現(xiàn)在里面的竟然是由利加。原來由利加沒有死啊，涼子想，那么明人呢？剛才黑色機器人駕駛員的聲音怎么這么耳熟？??！是明人，他們都還活著！
　　混戰(zhàn)中涼子被趕來支援的赤月救出，明人和由利加下落不名?！疤煺铡苯K于被火星后繼者給爆破了，之后火星后繼者占據(jù)了火星極冠，在那里和他們的支持者集結(jié)，想要依靠遺跡的力量和統(tǒng)合軍對抗。
　　通過調(diào)查，大家得知火星后繼者造就和尼魯加路的競爭對手聯(lián)合起來，希望通過掌握波色子跳躍通道的“葫蘆計劃”來達到起野心。為此需要那些為數(shù)不多的A級跳躍者來做玻色子單體跳躍的領(lǐng)航員，明人和由利加就是在蜜月旅行的時候被火星后繼者綁架了的，當局為了保密才宣稱他們不幸遇難。后來明人僥幸逃脫了出來，一直在暗中和火星后繼者戰(zhàn)斗。
　　面對新的威脅，琉璃等人奉命回地球召集人手，已經(jīng)退役的原NADESICO成員又重新聚集起來，更有不少年輕人加入。然而，到達地球的不只是他們……戰(zhàn)斗即將爆發(fā)，結(jié)局到底是什么樣的呢？