Cherry是個不善與人交談、一直戴著耳機的少年，他喜歡把無法說出口的心情寄托于俳句中。Smile是個為了把矯正中的大門牙擋起來而一直戴著口罩的少女，身為人氣視頻上傳者的她，看到可愛的東西就會發(fā)布視頻。這樣的兩個人在商場相遇了，交換了聯(lián)系方式開始聊天。他們在一起打工的地方，遇見了一個叫藤山的老人，后來還得知了老人一直在尋找某張唱片的原因。他們決定一起尋找唱片，而兩人之間的距離也越來越近。但當(dāng)某件事情發(fā)生之后，兩人的想法出現(xiàn)了分歧。

　　史蒂芬.羅伯特，在國際上名聲赫赫的大壞蛋，沒有人見過他，除了一個人，那就是他的親信納努。
　　里希一直想找史蒂芬.羅伯特，通過一名過世警官的孩子那拿到一份史蒂芬.羅伯特的資料，但很遺憾，上面沒有相片。他們想出一個辦法，接近納努的寶貝女兒南蒂妮，從她手中拿到史蒂芬.羅伯特的相片。于是，里希飛去曼谷追求南蒂妮。
　　很快，南蒂妮愛上了里希，并幫助里希拿到了史蒂芬.羅伯特的視頻。南蒂妮一直以為里希是個內(nèi)心柔軟的男生，不愛打架。但是，她卻親眼見到了冷酷的他，殺人毫不留情，這究竟是怎么一回事？難道里希說愛她全是欺騙她的？

　　民國年間，明嶺上邪村發(fā)生了一起連環(huán)殺人案，嫌疑人張初九為了證明自己的沒有殺人，跟著女警關(guān)小月一同追查真相，最終揭開了十八年前的謀殺往事，還原了一出纏綿悱惻的愛情故事

　　14年前，初號機疑似神化第一形態(tài)的覺醒帶來近三沖擊，使世界發(fā)生前所未有的巨變。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV舊部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宮村優(yōu)子 配音）和真里（坂本真綾 配音）奪回被封印在衛(wèi)星軌道上的初號機和碇真嗣（緒方惠美 配音），但絕對禁止真嗣登上初號機。感受到周遭的敵意，懵懂的真嗣跟隨綾波麗（林原惠美 配音）登上突然入侵的九號機，返回了千瘡百孔的NERV總部。在這里，他意外重逢朝思夜想的綾波，還從父親那里得知自己將和美少年渚薰（石田彰 配音）共同駕駛十三號機。長達14年的空白，期間的滄桑巨變和情感糾葛讓真嗣不知所措。而看似溫柔的渚薰為他揭開了種種難以置信的真相……
　　本片為EVA新劇場版四部曲的第三部。