倒敘，科學(xué)家安德烈（大衛(wèi)·海迪生 David Hedison飾）的美貌妻子海琳（帕特麗夏·歐文斯 Patricia Owens飾）打來電話，向安德烈的弟弟弗朗索瓦（文森特·普萊斯 Vincent Price飾）求助。她向弗朗索瓦和警探坦白，自己剛剛殺害了丈夫安德烈。案發(fā)前，安德烈癡迷研發(fā)他的時空交錯機(jī)器，這個機(jī)器能夠?qū)⑷梭w分解傳輸?shù)搅硪粋€地方再重組?？伤f萬沒有想到的是：正在他埋頭實驗的時候，一只闖進(jìn)來的丑陋蒼蠅飛進(jìn)了機(jī)器……
　　這部由二十世紀(jì)?？怂构居?958年推出的低成本科幻片《蒼蠅》，可謂史上經(jīng)典“變蠅人”的開山鼻祖。二十世紀(jì)?？怂构鞠嗬^推出1959年的《變蠅人回歸》和1965年的《蒼蠅的詛咒》。此后“蒼蠅熱”一發(fā)不可收拾，影響了八十年代的同類電影：1986年翻拍的《變蠅人》更加注重恐怖視覺的處理，榮獲奧斯卡最佳化妝獎，而在1989年推出《變蠅人2》接力演繹“蒼蠅熱”。

　　1999年，某個東西被卡車運出了館山市。幾天后，哥斯拉登陸了館山，特生自衛(wèi)隊出動與之展開了苦戰(zhàn)。在戰(zhàn)斗中，自衛(wèi)隊員家城茜（釈由美子 飾）意外害死了戰(zhàn)友葉山二尉（森末慎二 飾），自己卻僥幸活了下來，并被派去了資料科。
　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 飾）的指揮下，召集了湯原德光（宅麻伸 飾）等科學(xué)家開始研究對付哥斯拉的G兵器。他們以在館山?jīng)_挖掘出來的初代哥斯拉骨骼為基礎(chǔ)，用了四年制成了機(jī)械哥斯拉——3式機(jī)龍。柘植首相辭職，由科學(xué)技術(shù)廳長官五十嵐隼人（中尾彬 飾）就任新首相。同時，茜被派去了機(jī)龍隊，擔(dān)任機(jī)龍的操作員。
　　就在準(zhǔn)備機(jī)龍測試機(jī)動時，哥斯拉又在東京灣出現(xiàn)了。機(jī)龍趕赴現(xiàn)場與哥斯拉對戰(zhàn)，卻因哥斯拉的吼聲喚醒了體內(nèi)的野獸靈魂，突然暴走，在城市中造成了大破壞。
　　為了改良機(jī)龍，湯原改變了機(jī)龍DNA計算機(jī)的堿構(gòu)造，使機(jī)龍不會再受哥斯拉叫聲的干擾。但由于對再次暴走的擔(dān)憂，五十嵐遲遲不允許出動機(jī)龍。
　　哥斯拉再度出現(xiàn)在東京灣，一路無視特生自衛(wèi)隊的攻擊來到了品川，令城市變成了一片火海。面對如此情景，五十嵐終于同意讓機(jī)龍出動。
　　為了打敗哥斯拉，機(jī)龍被送到了品川。茜也抱著必死的覺悟。機(jī)龍和茜的戰(zhàn)斗就這樣開始了。

馬庫斯是一位成功的電腦程序員，他渴望過上美好的生活，為了所謂的“美國夢”不惜一切代價。然而，他卻發(fā)現(xiàn)自己變得如此自私，與世隔絕。他唯一的聯(lián)系就是他的哥哥賽勒斯，在他母親吸毒期間，賽勒斯幫忙撫養(yǎng)他們長大。賽勒斯不像哥哥那樣循規(guī)蹈矩，他喜歡在街頭混日子，與幫派混在一起，搶劫銀行，在地下競技場打架。當(dāng)賽勒斯因過著黑幫生活而被謀殺時，馬庫斯不得不做出選擇，放棄自己的一些價值觀，將殺害他兄弟的兇手繩之以法。