楓之血是陳穆靜所在部落的圣物，多年前，部落因為楓之血遭到屠村，幸得一神秘人物出手，部落村民才得以活命，但楓之血也就此遺失。多年來，部落遺民一直為尋找楓之血而努力。為了找尋線索，陳穆靜孤身潛入黑幫，遭遇追殺，幸得神秘人相救才得以脫險。當陳穆靜將神秘人帶到爺爺面前時，爺爺驚訝的認出，此人正是當年拯救部落的神秘人，并且多年過去，爺爺已從少年到遲暮，當年的神秘人卻還是當年的模樣。

本片講述了民國時期的一個傳奇故事，日本人垂涎華夏大地的一種神奇花朵，于是脅迫御麟龍幫助他們尋找花朵，御麟龍為了保護花朵不被異族奪取而施展計策與他們斗智斗勇，并最終將侵略者消滅。最終，御麟龍等人終于將坂本擊斃，成功將神奇寶貝保護在洞穴之內(nèi)。

　　故事敘述一個巧妙的契機，在泰瑞進入飛哥小佛家五周年紀念日當天，飛哥做了一個用大型鴨嘴獸羽毛球機器，而且兩人就坐在里頭，在陰錯陽差之下撞上了背著兩人駕著火箭車出任務(wù)的泰瑞，意外彈到了杜芬舒斯家中，飛哥與小佛因此結(jié)識了杜芬舒斯，并幫杜芬舒斯修好被他們撞爛的”超時空終結(jié)者”，剛好泰瑞在此時闖進杜芬舒斯家，因為不能被家中主人發(fā)現(xiàn)，所以只好變回毫無威脅性的鴨嘴獸。飛哥幫忙修好機器后，一行人進入了另一個時空。那個時空是一個被穿黑袍的獨眼杜芬舒斯獨裁統(tǒng)治的三州地區(qū)，莫來管隊長則成了獨眼杜芬舒斯底下的助理。
　　獨眼杜芬舒斯把自己那個時空的鴨嘴獸泰瑞給改造成了自己的邪惡部屬，而此時泰瑞也在情急之下暴露了自己的身分，秘密特務(wù)的身分讓飛哥很不諒解，他把泰瑞當成家人，而家人是不該有秘密的，獨眼杜芬舒斯命令機械鴨嘴獸去攻擊鴨嘴獸泰瑞，在經(jīng)過一番纏斗之后暫時甩掉了他，但鴨嘴獸泰瑞卻想獨自去對付獨眼杜芬舒斯卻失敗被俘，飛哥想回到自己的時空，但是時空終結(jié)者的遙控器卻失靈了，于是他們?nèi)フ覍儆谀莻€時空的自己，卻發(fā)現(xiàn)另一個自己卻和本身判若兩人，毫無想像力，而且不知道暑假是什么。
　　于是他們又去找了那個時空的伊莎貝拉，發(fā)現(xiàn)伊莎貝拉是杜芬反抗軍的一名軍官，而飛哥的朋友們在那個時空也都成了反抗軍的一員，凱蒂斯則是反抗軍頭領(lǐng)。另一方面獨眼杜芬舒斯聽了杜芬舒斯所敘述的另一個三州地區(qū)，于是想利用時空終結(jié)者到飛哥本來的時空進行大規(guī)模侵略，但是杜芬舒斯卻忘了怎么啟動，獨眼杜芬舒斯只好利用手上的鴨嘴獸泰瑞當人質(zhì)把飛哥他們?nèi)ミ^來，杜芬舒斯在此時想起了如何改造，開啟了時空之門，但獨眼杜芬舒斯卻因為杜芬舒斯過于懦弱，所以把他連同飛哥他們一起送去喂怪獸，此時那個時空的凱蒂斯救了他們，并用時空之門展開大逃亡。
　　逃回了自己的時空，卻發(fā)現(xiàn)獨眼杜芬舒斯的機器大軍也入侵了自己的家園，于是他們找到藏在家里的密道，找到鴨嘴獸泰瑞留下來的秘密武器，原來是飛哥他們在暑假做的所有發(fā)明，兩個時空的人用飛哥的發(fā)明合力擊退了獨眼杜芬舒斯的機械軍團，飛哥摧毀了機器人的主控制臺，讓機器人全部當機，而壓嘴獸泰瑞也打敗了機械泰瑞，消除它的邪惡思想。杜芬舒斯用獨眼杜芬舒斯最心愛的玩具火車頭把他引回屬于他的時空，并被反抗軍和莫來管所擒。
　　因為泰瑞暴露了自己的身分，所以必須遣往別處，凱爾建議用杜芬舒斯的記憶終結(jié)者消除他們的記憶，飛哥因為這一連串經(jīng)歷過于精彩所以舍不得刪除，但小佛提醒他美好的記憶可以自己創(chuàng)造，但泰瑞只有一只，所以選擇刪除記憶，一切又回復正常。(在記意刪除前,伊莎貝拉親了飛哥一下)