在《數(shù)碼寶貝》冒險的3年后，數(shù)碼世界又隨即開始出現(xiàn)新的危機，為此而出現(xiàn)了新的被選中的孩子來拯救這個世界。除了高石武和八神光外，原本被選中的孩子們都進入了中學，他們不能再長時間地守護數(shù)碼世界和他們的數(shù)碼寶貝伙伴。某日，一位自稱暴龍改造者的少年突然出現(xiàn)攻擊數(shù)碼寶貝，還利用黑暗螺旋環(huán)和黑暗塔企圖控制數(shù)碼寶貝們，妄圖占領數(shù)碼寶貝世界。在他的處處逼迫之下，數(shù)碼寶貝迫于無奈展開戰(zhàn)斗。新一代被選中的孩子們共3個，他們分別是本宮大輔、井上京和火田伊織，另外還有高石武和八神光繼續(xù)參戰(zhàn)。他們每個人都獲得一臺新的神圣計劃——“D-3數(shù)碼暴龍機”，他們以此通過電腦進入數(shù)碼世界，另外一個用處是“裝甲進化”，只要使用數(shù)碼裝甲就可以讓他們的數(shù)碼寶貝即使在黑暗力量的控制下，也可以完成進化.....
