自從超大型巨人出現(xiàn)，人類(lèi)的和平與幻想被打破的那天開(kāi)始，艾倫·耶格爾無(wú)盡戰(zhàn)斗的日子就未曾中斷……。毫無(wú)抵抗之力，眼睜睜看著母親成為巨人的餌食，發(fā)誓將巨人一個(gè)不剩地從世上驅(qū)逐的艾倫。但，在殘酷戰(zhàn)斗的途中，他自己也變成了巨人的姿態(tài)——。為了奪回人類(lèi)的自由而驅(qū)使巨人之力的艾倫，在席納之墻的史托黑斯區(qū)與“女巨人”交鋒。這場(chǎng)巨人之間的激烈戰(zhàn)斗，由艾倫艱難地取得了勝利。即使如此，艾倫以及人類(lèi)也沒(méi)有休息的時(shí)間。下一場(chǎng)戰(zhàn)斗已經(jīng)宣告開(kāi)幕。面對(duì)逼近羅塞之墻的大群巨人，人類(lèi)將如何對(duì)敵??？

21世紀(jì)初，人類(lèi)將多數(shù)人留在被哥斯拉蹂躪的地球上，僅使被選中的人們乘上恒星間移民船·阿拉特拉姆，前往能夠移居的“約定之地·τ星e”。但這一計(jì)劃失敗，人類(lèi)只得再度返回地球。而長(zhǎng)距離亞空間航行所引發(fā)的時(shí)空歪曲，導(dǎo)致人類(lèi)回到的地方變成了“兩萬(wàn)年后的地球”。在這個(gè)地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時(shí)，與?？宋鞲ァ⒈葼柹碃柕聝煞N族的異星人共同實(shí)行謀劃了20年的“對(duì)哥斯拉戰(zhàn)術(shù)”，通過(guò)殊死戰(zhàn)斗成功擊倒了哥斯拉。
　　但喜悅并未持續(xù)多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”現(xiàn)身了。兩萬(wàn)年間持續(xù)成長(zhǎng)生存、身高300米、質(zhì)量超過(guò)10萬(wàn)噸，在進(jìn)化成這種姿態(tài)的超巨大哥斯拉壓倒性的破壞力面前，晴男等人落花流水。
　　拯救了晴男的是被視為人類(lèi)的殘存者“弗圖亞”之民，米亞娜。弗圖亞是他們?cè)谶@個(gè)地球首次遇到的人型生命種族。他們會(huì)是人類(lèi)的子孫嗎——。“弗圖亞的神也被哥斯拉擊破，如今只剩下卵。挑戰(zhàn)者、抗?fàn)幷?，全部被火焰吞噬而消失了”面?duì)這樣的他們，晴男回應(yīng)道“這是以人類(lèi)的雙手奪回地球的最后機(jī)會(huì)了”。
　　另一方面，比爾沙爾德的指揮官·加爾格，注意到弗圖亞使用的箭頭是由“自律思考金屬體·納米金屬”所制造而歡喜。這和21世紀(jì)他們?cè)诟皇可铰醋鳛椤皩?duì)哥斯拉決戰(zhàn)兵器”所開(kāi)發(fā)、在啟動(dòng)前遭到破壞的“機(jī)械哥斯拉”由同種物質(zhì)所構(gòu)成。這正是當(dāng)時(shí)的開(kāi)發(fā)設(shè)備至今仍然殘存的證明——。

小鈴（能年玲奈 配音）是一個(gè)整日里慢慢騰騰迷迷糊糊的姑娘，最大的愛(ài)好就是畫(huà)畫(huà)。眼看著到了嫁人的年紀(jì)，在父母的安排下，小鈴來(lái)到了吳市，嫁給了名為北條周作（細(xì)谷佳正 配音）的男子，成為了北條家的媳婦。